Adalet Birliği'nin aniden ortadan kaybolmasıyla Lois Lane ve Jimmy Olson, Adalet Salonu'nu araştırır ancak bir hayalet tarafından hızla kovalanırlar ve yardım için Mystery Incorporated'ı aramalarını isterler. Ekip, Metropolis'e giderken Justice League'in kaybolması nedeniyle şehrin süper kötüler tarafından istila edildiğini keşfeder. Daily Planet'e zar zor kaçmayı başardıktan sonra, hayalet durumu açıklayan Lois ve Jimmy (protestolarına rağmen Daphne'yi kız arkadaşı olarak ilan eden) ile buluşurlar. Ekip, Adalet Salonunu gezerken Lex Luthor, Mercy Graves ve Luthor'un köpeği Rex ile tanışırlar. Mystery Incorporated, Justice League'in ortadan kaybolmasını araştırmak için süper köpek Krypto ile iş birliği yapar.