Genetik kodunun kilidini kırması ile atalarının hatıralarına erişim sağlayabilen Callum Lynch, 15. yüzyıl İspanya'sında yaşayan atası Aguilar'ın maceralarını kendi hafızalarında yer alacak kadar canlı bir şekilde deneyimler. Gizli bir topluluk olan Suikastçiler'in soyundan geldiğini öğrenen genç adam yeni kazandığı beceriler ile baskıcı ve güçlü organizasyon Templer'ın karşısına çıkar. Callum, günümüzde de varolan Templar organizasyonunu alt etmek için geçmişindeki bilgi ve tecrübesini kullanacaktır.