Bir yaşanan gerçek vardır, bir de yaşananın ötesinde olan gerçeklik... Biri rüya, diğeri ise Matrix! Neo,son derece tehlikeli bir adam olan Morpheus’un gerçeği bildiğine inanmaktadır. Bir gece Neo, kendisini başka bir dünyaya götürebilecek güzel yabancı Trinity ile tanışır. Bu kızın götüreceği dünyada, Neo Morpheus’u bulacak ve Matrix hakkında bir şeyler öğrenecektir. Neo, Tam olarak kavrayamadığı şeylerin yaşamını kontrol ettiğini biliyor.. Nedir bu Matrix?

Neo kendisini ajanların ve makinelerin ellerinden kurtarmayı başarmıştır. Ancak makineler insanların elde kalan son şehri olan Zion'u bulma konusunda önemli aşamalar kat etmişlerdir. Neo'nun görevi artık sadece kendisini değil, kurtulmuş insanlığı da bir daha kurtarmak olacaktır. Zion direnmek zorundadır. Seçilmiş kişi olan Neo ise Anahtarcı'yı bulup hem kendi kimliğiyle hem de insanlığın geçmişiyle ilgili yeni sırları aralayıp, ne kadar önemli bir misyona sahip olduğunu yeniden anlayacaktır.

Makineler Zion'a ulaşmak için kazmaktadırlar. Ajan Smith ise kendi bağımsızlığını ilan ederek hem insanları hem de makineleri karşısına almıştır. Neo'nun tek düşmanı insanlığın sonunu hazırlayan makineler değildir. Ajan Smith, her iki tarafı da tehdit etmektedir. Ancak bir sorun vardır. Neo, araf adındaki bir yerde hapsolmuş durumdadır. Öncelikle buradan kurtulmalı, sonra da herkesin kendisinden beklediği üzere önemli biri olduğunu tüm dünyaya göstermelidir.