Snake Eyes: G.I. Joe Origins, bir Japon klanının varislerinin hayatını kurtarmasıyla klana kabul edilen Snake Eyes'ın hikayesini konu ediyor. Japonya’ya giden Snake Eyes, burada Arashikage tarafından bir ninja savaşçısı olmanın yöntemlerini öğrenir. Arashikage'nin ona sunduğu bir diğer şeyse hep özlemini çektiği yuvadır. Kendisine yeni bir dünya kuran Snake Eyes'ın hayatı, geçmişinden gelen sırların ortaya çıkmasıyla alt üst olur. Sırların ortaya çıkması, Snake Eyes’ın onuru ve sadakatinin sınanmasına neden olur.