Kendilerini yıllardır insanların dünyasından koruyan Kaplumbağa kardeşler, kahramanca davranışlarla New York luların kalbini kazanıp normal gençler olarak kabul görmek için harekete geçer. Yeni arkadaşları April O Neil, gizemli bir suç örgütünün karşısına çıkmalarına yardımcı olur ancak bir mutantlar ordusunun üstlerine salınmasıyla kısa zamanda işler çığırından çıkar.