Zer, birbirlerine yabancı bir babaanne ve torun olan Zarife ve Jan'ın hikâyesidir. Zarife kanser tedavisi için New York'a getirildiğinde birbirlerini tanımaya başlayacaklardır. Yıllar sonra aralarında kurdukları bağlar, Zarife aniden ölünce kopar. İşte o zaman, Jan babaannesinin ölüm döşeğindeyken kendisine söylediği şarkıyı bulmak için bir serüvene niyet eder ve köklerinin izini sürmek için Dersim'e doğru uzun bir yolculuğa başlar. Jan, Zer şarkısının izinden gittikçe kendisini Dersim'de ve babaannesinin hayatı boyunca bir sır gibi sakladığı büyük bir katliamın ortasında bulacaktır. Jan şarkının izinden gittiği bu arayışın sonunda kendi kimliği ve özünü tanıyacaktır.