Jean Grey'in ölümünün ardından büyük bir depresyona sürüklenen ve kimliğinden kurtulmak isteyen Wolverine, yıllar önce hayatını kurtarmış olan bir arkadaşının ortaya çıkıp kendisinden yardım istemesi sonucu Japonya'ya gidip onu görmeye karar verir. Burada kendisine sunulan öneriyi kabul eden Wolverine, bu sayede ölümsüzlük yetisinden kurtulup ölümlü bir canlıya dönüşecektir. Ancak bu etapta Silver Samurai isimli ölümcül bir düşman edindiğinin farkında değildir. Bu düşmana acımasız Viper'ın da eklenmesiyle, tarihi bir savaş başlar. Wolverine bu savaş sürerken, mutant yanına ve geçmişinden gelip kabusu olan bir gizeme karşı da mücadele etmek zorundadır.