Thomas(Dylan O'Brien) adlı bir genç, beraberinde 60 çocukla birlikte bir labirente hapsolur. Uyandığında kendisini labirentte bulan Thomas ismi haricinde hiçbirşey hatırlamamaktadır. Thomas, Glade adını verdikleri bir tür kapalı kasabamsı alanda olduklarını öğreniyor. Burada yetişkinler yok. Sadece onlu yaşlarında erkek çocuklar var. Ve hepsinin de ayrı bir görevi. Bir şekilde hayata tutunmaya, bir şeyler yapmaya çalışırken, diğer yandan da bulundukları yerden çıkmaya çalışmaktadırlar.

Labirent (Maze Runner) serisinin 2. filminde kahramanlarımızı çok daha zorlu bir mücadele bekliyor. Labirentten kaçan Thomas ve arkadaşları, bütün bunların sebebini anlamaya ve WCKD örgütünün gizemini çözmeye çalışırken kendilerini bir anda Alev (Scorch) adında, akla hayale sığmaz engellerle dolu bir yerde bulurlar. Burada onları yok etmek isteyen büyük güce karşı tüm yeteneklerini sergilemek zorunda kalacaklardır.

Thomas ve arkadaşları Labirent'ten kurtulmalarının ardından hapsoldukları tesisten kaçmayı başarmış ve dünyayı pençesinde tutan acımasız organizasyon W.I.C.K.E.D.'e direnen isyancı grup Right Hand ile bir araya gelmeyi başarabilmişlerdir. Ancak Teresa'nın ihaneti sonucu grup kendini bir kez daha W.I.C.K.E.D.'a karşı mücadele ederken bulmuş, bu mücadele sırasında Minho'nun, organizasyon tarafından yakalanmasını engelleyememişlerdir. Minho'yu kurtarmak için yola çıkan Thomas ve arkadaşları organizasyonun peşine düşer. Bu uğurda aldıkları kararlar yalnızca arkadaşlarının değil, dünyanın da kaderini değiştirecektir.