Muallim, sürgün edildiği kasabada öğretmenlik yapan bir adamın hayatına odaklanıyor. 20. yüzyılın başlarında geçen filmde, Ali adında genç bir adam devlet tarafından mühendislik okumak üzere Fransaâya gönderilir. Kimliğine yabancılaşarak eğitimini tamamladıktan sonra ülkesine dönen Ali, katıldığı bir Jön Türk mitinginde tutuklanır. Bir kasabaya sürgüne gönderilen Ali, orada öğretmenlik yapmakla görevlendirilir. Kasabada cahil gördüğü insanlarla yaşamak zorunda kalan Ali, bu süreçte küçümsediği değerlerle yüzleşir.