Filmde Raphael, Michelangelo, Leonardo ve Donatello aksiyona geri dönüyor. Genç kaplumbağaların deneyimsizlikleri yüzünden kendilerini tuhaf durumların içinde buldukları bu komik macera hiç olmadığı kadar büyük riskler içeriyor. Gelecekten gelen gizemli yabancı Casey Jones, galaksinin en tehlikeli uzaylı gücü olan Krang'in yaklaşan istilası konusunda onları uyarınca kaplumbağalar zorlu bir sınavla karşı karşıya kalıyor. Bakalım ekip olarak bu işin altından kalkarak alın yazılarındaki kahramanlara mı dönüşecekler, yoksa gençlik hatalarına yenik mi düşecekler? Ninja Kaplumbağalar'ın gelmiş geçmiş en heyecanlı, en duygusal ve en destansı macerasına hazır olun.